Základ botanickej zbierky múzea bol vytvorený v roku 1968 pracovníkom múzea Jánom Gergelom. Po jeho odchode z múzea v roku 1992 na miesto botaničky nastúpila Ing. Oľga Kostolná, ktorá sa okrem botaniky venuje aj výskumu a dokumentácii chmeliarstva. V súčasnosti botanický fond obsahuje 7 658 ks exponátov. Najrozsiahlejším súborom je herbárová zbierka zahŕňajúca herbárové položky vyšších cievnatých rastlín s počtom 7 434 ks, predovšetkým zo skupiny krytosemenných.V zbierke sa nachádzajú viaceré vzácne druhy patriace medzi chránené a ohrozené, endemitné a reliktné, zaradené do príloh podľa Dohovoru o medzinárodnom obchode s ohrozenými druhmi voľne žijúcich rastlínCITES).
Zbierkový fond dopĺňa kolekcia vzoriek výrezov drevín a ich púčikov, semien a plodov domácich a tiež cudzokrajných drevín.Štruktúrne je fond zastúpený aj nepatrným počtom nižších rastlín, najmä lišajníkmi. Zbierka je od založenia tvorená prevažne vlastnou zberateľskou prieskumnou a výskumnou činnosťou. Dokumentuje existenciu flóry prevažne z územia regiónu, ale aj z iných lokalít Slovenska a niekoľko desiatok položiek pochádza zo zahraničnej proveniencie.
Začiatok tvorby špecializovanej chmeliarskej zbierky sa datuje od roku 1992. Zbierka obsahuje súbor predmetov v počte 158 kusov, ktoré dokumentujú pestovanie, zber, sušenie, spracovávanie a expedíciu chmeľu v regióne i na Slovensku. Zahrnuté sú v nej aj informatívne a normatívne materiály tlačovín, a tiež písomné doklady o vývoji a rozšírení niektorých javov v chmeliarstve na území pestovateľských lokalít.
Najhodnotnejšími exponátmi zbierky sú získané chmeliarske ocenenia, napríklad Zlatý chmeľ a Rytier chmeliarskeho rádu.
